Einzeltreffer — DigiBib

Advances in gene editing, in particular CRISPR interference (CRISPRi), have enabled depletion of essential cellular machinery to study the downstream effects on bacterial physiology. Here, we describe the construction of an ordered E. coli CRISPRi collection, designed to knock down the expression of 356 essential genes with the induction of a catalytically inactive Cas9, harbored on the conjugative plasmid pFD152. This mobile CRISPRi library can be conjugated into other ordered genetic libraries to assess combined effects of essential gene knockdowns with non-essential gene deletions. As proof of concept, we probed cell envelope synthesis with two complementary crosses: (1) an Lpp deletion into every CRISPRi knockdown strain and (2) the lolA knockdown plasmid into the Keio collection. These experiments revealed a number of notable genetic interactions for the essential phenotype probed and, in particular, showed suppressing interactions for the loci in question.

Competing Interests: Declaration of interests The authors declare no conflicts of interest.

Titel:	A mobile CRISPRi collection enables genetic interaction studies for the essential genes of Escherichia coli.
Autor/in / Beteiligte Person:	Rachwalski, K ; Tu, MM ; Madden, SJ ; French, S ; Hansen, DM ; Brown, ED
Zeitschrift:	Cell reports methods, Jg. 4 (2024-01-22), Heft 1, S. 100693
Veröffentlichung:	[New York] : Elsevier Inc., [2021]-, 2024
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	2667-2375 (electronic)
DOI:	10.1016/j.crmeth.2023.100693
Schlagwort:	Gene Editing Gene Knockdown Techniques Gene Library Escherichia coli Genes, Essential
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article Language: English [Cell Rep Methods] 2024 Jan 22; Vol. 4 (1), pp. 100693. MeSH Terms: Escherichia coli* ; Genes, Essential* ; Gene Editing ; Gene Knockdown Techniques ; Gene Library References: Nat Protoc. 2013 Nov;8(11):2180-96. (PMID: 24136345) ; J Bacteriol. 1981 Jan;145(1):654-6. (PMID: 7007330) ; Nature. 2018 May;557(7706):503-509. (PMID: 29769716) ; Nat Biotechnol. 2018 Jan;36(1):103-112. (PMID: 29176613) ; Cell. 2016 Jun 2;165(6):1493-1506. (PMID: 27238023) ; J Biomol Screen. 2014 Oct;19(9):1314-20. (PMID: 24828052) ; mBio. 2022 Jun 28;13(3):e0075722. (PMID: 35695460) ; EcoSal Plus. 2019 Mar;8(2):. (PMID: 30900542) ; Nucleic Acids Res. 2023 Apr 24;51(7):3485-3496. (PMID: 36929199) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Apr 8;105(14):5537-42. (PMID: 18375759) ; mBio. 2022 Aug 30;13(4):e0122522. (PMID: 35920556) ; ACS Chem Biol. 2013 Jan 18;8(1):226-33. (PMID: 23062620) ; Nat Chem Biol. 2022 May;18(5):482-491. (PMID: 35194207) ; Nat Methods. 2008 Sep;5(9):781-7. (PMID: 19160513) ; Nucleic Acids Res. 2020 Jun 19;48(11):e64. (PMID: 32352514) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Dec 24;99(26):17025-30. (PMID: 12482953) ; Nucleic Acids Res. 1974 Mar;1(3):355-71. (PMID: 10793671) ; J Bacteriol. 2021 Jun 8;203(13):e0014921. (PMID: 33875545) ; ACS Infect Dis. 2017 Dec 8;3(12):955-965. (PMID: 29069544) ; J Bacteriol. 2015 Mar;197(6):1075-82. (PMID: 25583975) ; J Infect Dis. 1973 Jul;128:Suppl:9-16. (PMID: 4578317) ; Mol Syst Biol. 2006;2:2006.0008. (PMID: 16738554) ; PLoS Genet. 2020 Dec 28;16(12):e1009276. (PMID: 33370261) ; Curr Opin Microbiol. 2017 Oct;39:42-47. (PMID: 28957731) ; Cell Rep. 2016 Jan 26;14(3):648-661. (PMID: 26774489) ; Nat Commun. 2021 Sep 14;12(1):5442. (PMID: 34521846) ; Nature. 2020 Dec;588(7838):473-478. (PMID: 33299184) ; Nat Methods. 2008 Sep;5(9):789-95. (PMID: 18677321) ; Elife. 2021 Apr 13;10:. (PMID: 33847565) ; DNA Res. 2005;12(5):291-9. (PMID: 16769691) ; J Bacteriol. 1995 Jul;177(14):4194-7. (PMID: 7608103) ; Nat Commun. 2020 Apr 14;11(1):1789. (PMID: 32286264) ; Curr Opin Microbiol. 2021 Feb;59:102-109. (PMID: 33285498) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 1977 Mar;74(3):1004-8. (PMID: 322142) ; J Bacteriol. 2003 Oct;185(19):5673-84. (PMID: 13129938) ; FEMS Microbiol Rev. 2022 May 6;46(3):. (PMID: 35104846) ; PLoS Genet. 2011 Nov;7(11):e1002377. (PMID: 22125496) ; Nucleic Acids Res. 2020 Jan 10;48(1):212-230. (PMID: 31665437) ; FEBS Lett. 1998 Nov 13;439(1-2):51-4. (PMID: 9849875) ; Arch Microbiol. 1999 Jul;172(1):1-8. (PMID: 10398745) ; Biochemistry. 1987 Jun 30;26(13):4022-7. (PMID: 2820481) ; Nat Protoc. 2022 Feb;17(2):252-281. (PMID: 34997243) ; Front Microbiol. 2021 Jul 28;12:711077. (PMID: 34394059) ; Cell Syst. 2021 Jan 20;12(1):56-67.e6. (PMID: 33238135) ; mBio. 2018 Feb 20;9(1):. (PMID: 29463657) ; Eur J Biochem. 1969 Oct;10(3):426-38. (PMID: 4899922) ; ACS Synth Biol. 2020 May 15;9(5):1030-1040. (PMID: 32268068) ; mBio. 2020 Sep 29;11(5):. (PMID: 32994326) ; Trends Biotechnol. 2012 Nov;30(11):601-7. (PMID: 22951051) ; Nat Microbiol. 2019 Feb;4(2):244-250. (PMID: 30617347) ; PLoS Genet. 2018 Nov 7;14(11):e1007749. (PMID: 30403660) ; RNA. 2003 May;9(5):518-32. (PMID: 12702811) ; PLoS Genet. 2014 Jan;10(1):e1004056. (PMID: 24391520) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2019 Oct 22;116(43):21748-21757. (PMID: 31591200) ; Cell. 2011 Jan 7;144(1):143-56. (PMID: 21185072) ; ACS Synth Biol. 2018 Apr 20;7(4):1085-1094. (PMID: 29544049) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 May 2;114(18):4769-4774. (PMID: 28416660) ; PLoS Genet. 2014 Feb 20;10(2):e1004120. (PMID: 24586182) ; Trends Microbiol. 2009 Oct;17(10):433-8. (PMID: 19765999) ; FEMS Microbiol Lett. 2003 Aug 8;225(1):1-7. (PMID: 12900013) ; Methods. 2020 Feb 01;172:61-75. (PMID: 31377338) ; mBio. 2020 Mar 10;11(2):. (PMID: 32156814) ; Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 2009;74:119-29. (PMID: 19776167) ; Front Microbiol. 2021 Jun 07;12:677812. (PMID: 34163454) ; mBio. 2021 Oct 26;12(5):e0256121. (PMID: 34634934) ; Science. 1994 Mar 4;263(5151):1273-6. (PMID: 8122109) ; mBio. 2016 Nov 22;7(6):. (PMID: 27879333) ; mBio. 2021 Mar 9;12(2):. (PMID: 33688004) ; Nat Methods. 2012 Jul;9(7):671-5. (PMID: 22930834) ; Nat Commun. 2018 May 15;9(1):1912. (PMID: 29765036) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 1962 Dec 15;48:2187-93. (PMID: 13979281) ; Nat Methods. 2006 Aug;3(8):623-8. (PMID: 16862137) ; J Bacteriol. 2010 Dec;192(24):6418-27. (PMID: 20935093) ; FEMS Microbiol Rev. 2018 Jan 1;42(1):. (PMID: 29069427) ; Mol Biol Cell. 2016 Mar 15;27(6):1015-25. (PMID: 26792836) Contributed Indexing: Keywords: CP: Microbiology; CRISPRi; Escherichia coli; Lpp; gene essentiality; genomic screening; lipoprotein transport Entry Date(s): Date Created: 20240123 Date Completed: 20240125 Latest Revision: 20240203 Update Code: 20240205 PubMed Central ID: PMC10832289

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A mobile CRISPRi collection enables genetic interaction studies for the essential genes of Escherichia coli.